Největší přidanou hodnotou a srdcem celého centra je archiv fotografií, který je umístěn pod výstavní galerií. Moderní archivační systém v klimatizovaném prostoru se stálou teplotou a vlhkostí je místem, kde jsou v první vlně uloženy tištěné fotografie všech ročníků soutěže Czech Press Photo. Dnes tyto fotografie přinášejí neocenitelné svědectví o životě v uplynulých dvou desetiletích a nebýt tohoto počinu, byly by brzy v nevyhovujících podmínkách znehodnoceny. Archiv má kapacitu více než 100 000 tištěných fotografií a může se stát domovem pro množství dalších fotografických děl, které by jinak byly pro budoucí generace nenávratně ztraceny.
Archiv nebude používán pouze pro skladování tištěných fotografií. Technologie jejich postupné digitalizace a přehledný systém archivace umožní vytváření různorodých výstavních celků.
Archiv bude otevřen dalším akvizicím, zaměřeným na současnou tvorbu. Tyto však budou schvalovány radou sestavenou z předních odborníků na obor fotografie. Přítomnost archivu posunuje celé Centrum k celorepublikové působnosti i možnosti spolupráce s obdobnými zahraničními institucemi (archivy, muzei).
Nový archiv Centra chce systematicky archivovat, a tak zachovávat pro budoucnost, nejen vítězné a další vybrané práce soutěže a výstav Czech Press Photo, ale také nejvýraznější díla soudobých autorů. Na rozdíl od existujících sbírek institucí zaměřených téměř výlučně na předchozí autorské generace. V budoucnosti centrum zvažuje i zřízení datového úložiště, které by bylo pro současné fotografy neocenitelné.
Výstavy, které z fotografií uložených v archivu mohou vzniknout, budou k dispozici pro výstavní účely Czech Photo Centre i jiných institucí. Již v současné době disponuje CPP ucelenými výstavami: The Best of Czech Press Photo, Fotografie roku Czech Press Photo a autorskými výstavami význačných světových fotografů – porotců soutěže Czech Press Photo (např. Ron Haviv, Ami Vitale, Heidy Levine).